《研究所神秘入口》是由导演，李立君 吴孟达 蓝洁瑛 任达华 吴镇宇 郜妍妍出演。古峰（吴孟达饰）和段海（刘江饰）皆是苍穹派弟子，因为盗取了极乐神功的秘籍，古峰保住了段海，自己却被逐出师门。为了报答古峰，段海收养了他的儿子古玉楼（吴镇宇饰），对其悉心教导，段海待古玉楼之好，甚至超过了待他的亲生儿子段飞（周星驰饰）。一晃眼数年过去，古玉楼和段飞都成长为了壮硕的青年，然而两人的个性却截然相反。古玉楼个性桀骜不驯，自高自大，唯我独尊，为了达到目的不择手段，更为了称霸武林而修炼邪派武功，最终沦落至走火入魔的境地。段飞尽管淡泊名利，只想过安稳生活，却屡屡被卷入江湖的纷争之中，自己的父亲更是死在了古玉楼的手上，段飞决心替父报仇。

社团大哥大华（任达华饰）通过鸡包（林雪饰）的安排前去执行非常棘手的社团任务，于是重新召集自己手下最信得过的兄弟阿春（陈小春饰）、高天（伍允龙饰）、叉烧（张兆辉饰）、超人（梁烈唯）以及自己的女儿（邱意浓饰）一同重出江湖，不料在执行任务时，却一次次失败，遭遇社团和警方的双重围剿，兄弟几人不得不拨开重重迷雾，抓出内鬼，找出真相。研究所神秘入口，这一部里，杨光（韩兆饰）和边萍总算有情人终成眷属，携手步入了婚姻的殿堂，而同时，他也失去了保安队的工作，无奈之下，最后几经辗转来到了医院，成为了一名护工。某日，小薇来到了天津，打算在这里举办她的个人演唱会，与此同时，夏丽带着儿子小雨也从美国来到了天津，在这里，他们开了一家花店，两人相依为命。夏丽和小薇的出现成为了杨光和边萍婚姻里的两颗定时炸弹，最终，它们还是爆炸了，边萍选择了离开杨光。在一场车祸中，小雨身受重伤，在给小雨输血的过程里，杨光震惊的发现，小雨竟然和自己有着血缘关系。